Outre le fait que certains aliments comme la nourriture industrielle, ou les sucres blancs, les régimes trop carnés, les excitants (alcool, thé, café, drogues...) sont difficiles à éliminer, ce qui provoque de la tachycardie au coucher ou bien des digestions trop longues, ils appauvrissent le microbiote également à l'origine d'un bon sommeil. 

Les fibres et les protéines favorisent aussi un bon sommeil, ainsi que les poissons gras. Une étude américaine a été menée sur un groupe d'hommes en octobre 2019 à l'université de Nova Southeastern en Floride, concernant leur sommeil et leur microbiote. Les hommes ayant un microbiote le plus diversifié avaient une meilleure qualité de sommeil, un temps de sommeil plus long et une meilleure efficacité de sommeil, avec un nombre de réveils nocturnes plus faibles. 

En effet, certaines de ces bactéries fabriquent un neurotransmetteur favorisant la sérotonine qui aide à l'endormissement. Afin d'améliorer et d'équilibrer son microbiote, il est important de suivre un régime alimentaire varié, de prendre des aliments offrant une teneur élevée en probiotiques comme les légumes lactofermentés (procédé de conservation des aliments qui consiste à laisser macérer les aliments en l'absence d'oxygène), et ceux qui sont source de prébiotiques (oignon, ail, poireau, asperge). Ces légumes sont une source de fibre végétale non digestive qui agit comme un engrais pour favoriser la croissance des bonnes bactéries dans l'intestin. Enfin, il est recommandé de manger des fruits bio avec la peau, riche en vitamines et acide folique ainsi que les yaourts riches en lactobacillus. Le jeûne intermittent est aussi recommandé de manière à optimiser son organisme.